Transparent and robust SARS-CoV-2 variant calling and lineage assignment with comprehensive reporting.
-
Updated
Jun 2, 2024 - Python
Transparent and robust SARS-CoV-2 variant calling and lineage assignment with comprehensive reporting.
Data on COVID-19 (coronavirus) cases, deaths, hospitalizations, tests • All countries • Updated daily by Our World in Data
Aiming to create a wastewater portal for c19 measurements for multiple european countries.
Das Intensivregister (www.intensivregister.de) ist eine digitale Plattform zur Echtzeiterfassung von intensivmedizinischen Behandlungs- und Bettenkapazitäten sowie den Fallzahlen intensivmedizinisch behandelter COVID-19-Patient*innen der etwa 1.300 Akut-Krankenhäuser Deutschlands.
Automated Data Collection: COVID-19/SARS-COV-2 Cases in EU by Country, State/Province/Local Authorities, and Date
Im Datensatz werden die aktuellen 7-Tage-Inzidenzen der nach den Vorgaben des Infektionsschutzgesetzes - IfSG - an das RKI übermittelten COVID-19-Fälle veröffentlicht. Datengrundlage zur Berechnung der 7-Tage-Inzidenzen sind die an das RKI übermittelten COVID-19-Fälle.
Im Datensatz 'COVID-19-Todesfälle in Deutschland' werden die Todesfälle in Bezug auf COVID-19 in Deutschland bereitgestellt. Darüber hinaus wird neben der Anzahl der übermittelten Todesfälle der Fall-Verstorbenen-Anteil berechnet. Angaben zum Tod zählen zu den melde- und übermittlungspflichtigen Inhalten. Bei der Ermittlung von Todesfällen und...
Der vorliegende Datansatz enthält umfassende Informationen zu SARS-CoV-2-Infektionen in Deutschland, die gemäß dem Infektionsschutzgesetze (IfSG) von den Gesundheitsämtern an das Robert Koch-Institut (RKI) gemeldet wurden. Die Daten umfassen Informationen zur Anzahl der bestätigten Fälle, Todesfälle und Genesungen.
Im Datensatz 'COVID-19-Hospitalisierungen' werden die aktuellen Zahlen der nach den Vorgaben des Infektionsschutzgesetzes - IfSG - erfassten hospitalisierten COVID-19-Fälle bereitgestellt.
Der vorliegende Datansatz enthält umfassende Informationen zu SARS-CoV-2-Infektionen in Deutschland, die gemäß dem Infektionsschutzgesetze (IfSG) von den Gesundheitsämtern an das Robert Koch-Institut (RKI) gemeldet wurden. Die Daten umfassen Informationen zur Anzahl der bestätigten Fälle, Todesfälle und Genesungen.
Viral genome alignment, mutation calling, clade assignment, quality checks and phylogenetic placement
V-pipe is a pipeline designed for analysing NGS data of short viral genomes
Scripts and data for the CoVaRR-Net Pillar 6 notebook
The Blue Brain BioExplorer (BBBE) is a tool for data visualization experts and scientists to extract and analyze scientific data from visualization and interactive exploration
COVID-19 interactive dashboard for the whole world
Zur Einschätzung der Krankheitslast schwerer symptomatischer Atemwegsinfektionen im stationären Bereich wird mithilfe von Daten aus der syndromischen Krankenhaussurveillance ICOSARI die Inzidenz der Fälle, die mit einer schweren akuten respiratorischen Infektion (SARI) und einer COVID-19-Diagnose in ein Krankenhaus zur Behandlung aufgenommen wurden
Zur Einschätzung der Krankheitslast symptomatischer Atemwegsinfektionen im ambulanten Bereich wird die Inzidenz der Arztbesuche wegen einer akuten respiratorischen Erkrankung mit zusätzlicher COVID-19-Diagnose pro 100.000 Einwohner mithilfe von Daten aus dem SEEDARE-Modul der Arbeitsgemeinschaft Influenza wöchentlich berechnet (COVID-ARE-Konsultati
Predicting Antibody and ACE2 Affinity for SARS-CoV-2 BA.2.86 with In Silico Protein Modeling and Docking
The Public Health Environmental Surveillance Open Data Model (PHES-ODM, or ODM). A data model, dictionary and support tools for environmental surveillance.
Add a description, image, and links to the sars-cov-2 topic page so that developers can more easily learn about it.
To associate your repository with the sars-cov-2 topic, visit your repo's landing page and select "manage topics."